由于大量的有机污染物附着在MBR膜表面，其黏性较大，常规物理清洗效果较差时，还需定期进行化学清洗。主要的化学清洗药剂有盐酸、氢氧化钠、双氧水、次氯酸钠、甲醛、柠檬酸和草酸等。对于不同材料的膜，要慎重选择化学药剂，防止化学清洗剂对膜的损伤。

       氢氧化钠对以有机物为主的膜污染有显著的恢复作用，碱洗后再酸洗，MBR膜通量可以迅速上升。无机物在膜表面上的吸附速度大于有机物，无机物首先沉积到膜表面，沉积层外侧为有机物质。如果先使用酸洗，附着在膜表面上的有机物质不能被酸溶解，而碱液对有机物质有一定的溶解作用，当其溶解了膜表面的有机物质后，沉积在膜表面的无机物质暴露出来，有利于其后的酸洗，从而使膜通量得到有效的恢复。如果再经过柠檬酸清洗，膜通量可以得到更好的恢复。

       双氧水和次氯酸钠不仅可以溶解膜表面的有机物，还可以有效地清除微生物的污染，使MBR膜通量的恢复率更高。对蛋白质污染严重的MBR膜，可用含0.5％蛋白酶的氢氧化钠溶液清洗，效果较佳。