MBR膜系统设计依据是指系统设计时用户给出的基本设计要求与基本工程条件，其中最主要的包括系统进水条件、MBR膜系统淡水流量与系统淡水水质三大设计依据。进水条件包括水温、含盐量、硬度、离子成分、有机物成分和 SDI等，其中硬度及有机物成分与预处理系统设计有关，而水温、含盐量及离子成分与MBR膜系统设计有关。这里水温随季节等因素而变化，当含盐量及离子成分一般也与季节相关时，应明确不同季节的进水条件，以便有针对性地进行系统设计。

       MBR膜系统淡水流量是系统规模的主要指标，如果不同季节或不同温度条件下的淡水流量要求存在差异应该加以明确。

       MBR膜系统淡水水质是系统性能的主要指标，对淡水中硼及氟等特殊离子成分的要求与预处理系统设计有关，对淡水的 pH 值指标的要求与后处理系统有关，而对于淡水含盐量或电导的一般要求则与膜系统设计有关。系统进水含盐量条件与系统淡水含盐量要求的差异构成了对于系统脱盐率的要求，要求较低时可采用一级系统，要求较高时需采用两级系统，更高要求时需后续电去离子 (EDI) 工艺或离子交换工艺。